Desde el punto de vista geomorfológico, se integra en el complejo volcánico de Carboneras-Lomillos, compuesto por la presencia de tres cráteres de explosión de origen freatomagmático: Carboneras, Los Cuartos y Lomillos (dirección NW-SE). Carboneras y Lomillos albergan lagunas de carácter temporal, mientras que Los Cuartos, a pesar de encontrarse a la misma cota y no tener ninguna obra de infraestructura que lo justifique, no es capaz de almacenar agua, aunque las trazas encontradas en su formación edáfica atestiguan una presencia de agua en época reciente.

Carboneras alberga una laguna de 12 ha de extensión, que no ha sido muestreada debido a las dificultades de acceso existentes para llegar a ella.